「海洋科學調查活動填報系統」系統主要分為行政院所屬中央及地方各政府機關(構)之使用者填報功能與海洋委員會業務管理者確認審核功能，功能架構如圖。
系統登入模組包含帳號申請、忘記密碼與系統登入功能，
登入後提供登入軌跡記錄、定期變更密碼與功能模組選擇，
並可進入海洋科學調查活動填報系統、補助計畫管理系統及帳號權限管理。
活動填報執行模組包含活動資料填報、活動批次匯入及空間資訊整合。
活動資料填報提供各季查詢、活動新增修改及活動列表匯出；
空間資訊整合包含底圖切換、定位查詢、量測工具、圖層套疊及活動查詢功能。
活動管理模組包含活動資料管理、標案計畫查詢與活動儀表板。
管理功能提供週期設定與報填管理，
儀表板顯示近三年件數、比例分析、行政區分析及填報單位分析。
自動排程模組包含開始填報通知信、逾期填報通知信及新季別自動複製功能。
帳號權限管理模組包含使用者管理與活動調查填報單位管理，
並提供使用者維護、待審核帳號及帳號登入歷程查詢。